Biskup Ján Vojtaššák bol od 3. júna 1950 internovaný v biskupskej rezidencii. 15. septembra 1950 večer ho štátna bezpečnosť zatkla pod zámienkou jeho účasti na schôdzi kňazov v Trenčíne. 16. septembra 1950 ho dopravili do väzenia v pražskej Ruzyni. Začal sa pripravovať proces s „vlastizradnými“ biskupmi - Jánom Vojtaššákom, Michalom Buzalkom a bl. Petrom Pavlom Gojdičom. Biskupi boli obvinení pre údajné úklady proti republike, velezradu, vojnovú zradu a vyzvedačstvo. Zverské metódy, vynútené odpovede, ostré výsluchy spôsobili, že napokon biskupi pri priznaní viny podľahli psychickému tlaku i fyzickému násiliu. 10. - 15. januára 1951 sa konal súd v Bratislave. V tzv. „divadelnom procese“ s „vlastizradnými“ biskupmi bol biskup Ján Vojtaššák odsúdený na 24 rokov odňatia slobody, stratu občianskych práv, zhabanie majetku a pol milióna korún pokuty. Spolu s ním boli odsúdení na doživotie biskupi Michal Buzalka a bl. Pavol Gojdič. Nasledovalo masové zatýkanie kňazov a angažovaných laikov. Biskup Vojtaššák prešiel tortúrou väzníc vo Valdiciach, Leopoldove a v Ilave. 14. júna 1956 mu prerušili trest a určili pobyt v Děčíne v Charitnom domove. Prerušenie výkonu trestu mal zrušené v apríli 1957. Opäť bol pol roka vyšetrovaný v Žiline, kde boli viacerí kňazi zo Spišskej diecézy súdení pre „rozvracanie základov ľudovodemokratického zriadenia“. Biskupa Jána Vojtaššáka opäť čakali ďalšie zastávky jeho „krížovej cesty“: väznice v Ilave, vo Valdiciach, na Pankráci v Prahe. 5. októbra 1963 bol podmienečne prepustený na slobodu, vrátil sa na Slovensko, ale len tri týždne mohol ostať v Oravskej Lesnej u svojho synovca Tomáša Vojtaššáka na fare. Opäť bol prinútený odísť do Charitného domova v Senohraboch pri Prahe, kde ochorel. Prevezený bol do nemocnice v Říčanoch pri Prahe, kde 4. augusta 1965 zomrel. Stalo sa tak v 88. roku jeho života, v 64. roku jeho kňazstva a v 44. roku jeho biskupskej služby.